Sơ chế nguyên liệu: Cá làm sạch, cắt khúc vừa ăn, rửa với nước muối và gừng để khử tanh. Thịt ba chỉ cắt miếng mỏng vừa ăn. Hành, tỏi băm nhỏ. Gừng thái lát, ớt cắt nhỏ.

Ướp cá: Ướp cá với nước mắm, tiêu, một ít hành, tỏi băm, đường, gừng trong 20–30 phút để cá thấm vị.

Làm nước hàng (nếu không dùng sẵn): Cho đường vào chảo, đun nhỏ lửa đến khi chuyển màu cánh gián thì thêm chút nước để tạo hỗn hợp nước màu. Lưu ý không để đường cháy khét.

Xếp nguyên liệu và kho: Xếp cá vào nồi đất hoặc nồi dày đáy, có thể lót dưới đáy vài lát gừng. Nếu dùng thịt ba chỉ thì xếp xen kẽ với cá. Thêm phần hành, tỏi còn lại, ớt, và nước màu. Đổ nước dừa (hoặc nước lọc) xâm xấp mặt cá.

Kho cá: Đun lửa lớn đến khi sôi, sau đó hạ lửa nhỏ và kho liu riu trong 1–1,5 giờ. Trong quá trình kho, không đảo cá mà nên nghiêng nồi hoặc dùng muỗng rưới nước kho lên mặt cá để cá ngấm đều mà không bị nát. Lưu ý: Càng kho lâu, cá càng săn chắc, đậm vị và ngon hơn. Nếu nước cạn nhanh có thể thêm chút nước nóng.

Hoàn thiện và thưởng thức: Khi cá đã săn, nước kho keo lại và đậm vị, tắt bếp. Dùng nóng với cơm trắng.