Sơ chế nguyên liệu: Cá trê: Làm sạch cá, bỏ mang, ruột. Dùng muối và chanh hoặc giấm chà xát kỹ bên ngoài và bên trong cá để khử mùi tanh, rửa lại thật sạch bằng nước và để ráo. Cắt cá thành khúc vừa ăn. Ướp cá với một phần nước mắm, đường, gừng thái lát, ớt tươi thái lát và một nửa số hành, tỏi băm. Để khoảng 30 phút cho cá thấm gia vị. Riềng củ: Cạo vỏ, rửa sạch, thái lát hoặc giã dập. Thịt ba chỉ: Rửa sạch, thái lát mỏng hoặc miếng vuông nhỏ (nếu dùng). Hành khô, tỏi: Bóc vỏ, băm nhỏ. Ớt tươi: Thái lát.

Làm nước hàng và kho thịt: Đặt nồi (ưu tiên nồi đất hoặc nồi gang) lên bếp, cho dầu ăn và đường vào đun nóng. Đun lửa nhỏ cho đường chuyển sang màu cánh gián đậm (nước hàng). Cho phần hành, tỏi băm còn lại vào phi thơm. Nếu dùng thịt ba chỉ, cho thịt vào rang cháy cạnh cho ra bớt mỡ và săn lại. Tiếp đến, cho riềng thái lát hoặc giã dập vào xào sơ để riềng dậy mùi thơm.

Kho cá: Xếp cá trê đã ướp lên trên lớp riềng và thịt (nếu có) trong nồi. Đổ phần nước mắm còn lại và nước nóng vào nồi sao cho ngập sâm sấp mặt cá. Thêm ớt tươi thái lát (nếu dùng). Đun sôi, sau đó hạ nhỏ lửa, kho liu riu khoảng 50-60 phút cho cá chín mềm, xương mềm rục, thấm gia vị và nước kho sánh lại. Trong quá trình kho, thi thoảng nghiêng nồi để nước kho thấm đều các mặt cá.

Hoàn thành: Khi nước kho đã sánh kẹo, cá chín mềm và có màu nâu cánh gián đẹp mắt, tắt bếp. Rắc thêm tiêu xay và hành lá thái nhỏ lên trên. Dùng nóng với cơm trắng, rất ngon miệng và bổ dưỡng.