Sơ chế nguyên liệu: Cá trê: Làm sạch cá, bỏ mang, ruột. Cá trê có nhiều nhớt, bạn nên dùng muối hạt và chanh/giấm chà xát kỹ bên ngoài, sau đó rửa lại thật sạch bằng nước và để ráo. Cắt cá thành khúc vừa ăn. Ướp cá với nước mắm và một ít tiêu xay trong khoảng 15-20 phút cho thấm. Thịt ba chỉ: Rửa sạch, thái lát mỏng hoặc miếng vuông nhỏ (nếu dùng). Tương hột: Dằm sơ tương hột để hạt đậu nành hơi nát, dễ thấm vị hơn. Hành khô, tỏi: Bóc vỏ, băm nhỏ. Ớt hiểm: Thái lát (nếu dùng).

Làm nước màu và kho cá: Đặt nồi/niêu đất lên bếp, cho đường và dầu ăn vào đun nóng. Đun lửa nhỏ cho đường chuyển sang màu cánh gián (nước màu). Cho hành, tỏi băm vào phi thơm. Nếu dùng thịt ba chỉ, cho thịt vào rang cháy cạnh cho ra bớt mỡ và săn lại. Tiếp đến, cho tương hột đã dằm vào xào sơ khoảng 1-2 phút cho dậy mùi thơm. Cho cá đã ướp vào, đảo nhẹ nhàng để cá săn lại và thấm tương.

Nêm gia vị và kho chín: Đổ nước lọc nóng vào nồi sao cho ngập sâm sấp mặt cá. Thêm ớt hiểm thái lát (nếu dùng). Đun sôi, sau đó hạ nhỏ lửa, kho liu riu khoảng 30-40 phút (hoặc lâu hơn tùy độ mềm mong muốn) cho cá chín mềm, thấm gia vị và nước kho sánh lại. Trong quá trình kho, bạn có thể trở mặt cá một lần để cá chín đều.

Hoàn thành: Khi nước kho đã sánh lại, cá chín mềm và có màu nâu cánh gián đẹp mắt, tắt bếp. Rắc thêm một chút tiêu xay và hành lá thái nhỏ lên trên. Dùng nóng với cơm trắng, rất ngon miệng và bổ dưỡng.