Sơ chế nguyên liệu: Cá trê: Làm sạch cá (có thể dùng nước nóng hoặc tro bếp để làm sạch nhớt), bỏ mang, ruột. Rửa với muối và chanh để khử mùi tanh, rửa lại nước sạch và để ráo. Cắt cá thành khúc vừa ăn. Ướp cá với muối và đường. Me vắt: Cho me vắt vào chén với nước nóng, dằm nát rồi lọc bỏ bã, lấy nước cốt. Bạc hà: Tước vỏ, thái lát xéo, bóp sơ với muối rồi rửa sạch, vắt ráo. Đậu bắp: Rửa sạch, cắt xéo. Dứa: Gọt vỏ, bỏ mắt, thái lát vừa ăn. Cà chua: Rửa sạch, bổ múi cau. Giá đỗ: Rửa sạch, để ráo. Rau om, ngò gai: Rửa sạch, thái nhỏ. Tỏi: Bóc vỏ, băm nhỏ. Ớt tươi: Thái lát.

Nấu canh: Đặt nồi lên bếp, cho dầu ăn vào, phi thơm tỏi băm (có thể phi vàng một ít tỏi riêng để rắc sau). Cho cà chua và dứa vào xào sơ. Đổ nước lọc vào nồi, đun sôi. Khi nước sôi, cho nước cốt me vào, nêm nếm nước mắm, đường, muối cho vừa ăn (gia giảm tùy khẩu vị chua ngọt). Cho cá trê đã ướp vào nồi, đun cho cá chín tới (không nên đun quá lâu cá sẽ nát). Tiếp tục cho bạc hà và đậu bắp vào, đun thêm cho rau củ chín tới.

Hoàn thành: Cuối cùng, cho giá đỗ vào nồi, khuấy đều rồi tắt bếp ngay để giá giữ độ giòn. Rắc rau om, ngò gai thái nhỏ và tỏi phi vàng (nếu có) lên trên. Dùng nóng với cơm trắng và ớt thái lát. Canh chua cá trê có vị chua thanh, ngọt dịu, thơm lừng rất hấp dẫn.